У Народном музеју у Београду започет је развој археологије у Србији. Музеј је био иницијатор не само првих археолошких ископавања, већ и истраживања већине најзначајнијих локалитета на овим просторима, попут Винче, Виминацијума, Гамзиграда, Стобија, Царичиног града, Плочника и других. Од краја 19. века до данас, археолошка истраживања су била и остала једна од најважнијих активности Народног музеја. Првенствено захваљујући истраживањима, Музеј је формирао своје археолошке збирке – најбогатију ризницу покретних археолошких налаза у Србији. Такође, постигнути су и бројни важни резултати који доприносе развоју српске и светске археологије.
Народни музеј данас спроводи археолошка истраживања на локалитетима из различитих периода, од палеолита до средњег века, самостално или у сарадњи са другим институцијама из земље и иностранства.